某造船厂房建设场地原为农田。按设计要求在厂房建造时，厂房范围内的耕植土应清除，基础必须埋在老土层上。为此，业主在“三通一平”阶段就委托了土方施工公司清除了耕植土并用好土回填压实至外地面设计标高，场地内的古墓也处理好。这样在施工招标文件中指出，施工单位无须再考虑清除耕植土问题及古墓处理问题。某施工单位通过投标方式获得了该项工程施工任务，并与建设单位签订了固定价格合同。然而，施工单位在开挖基坑时发现，相当一部分较深基础开挖深度虽已达到设计标高，但仍未见老土，且在基坑和场地范围内仍有一部分深层的耕植土和池塘淤泥以及古墓等问题必须清除处理。
问题：
1.在工程中遇到地基的地质条件与原设计所依据的地质资料不符时，监理工程师应该怎么办?
2.对于工程施工中出现变更工程价款和工期的事件后，监理工程师需要注意哪些时效性问题?
3.根据修改的设计图纸，基坑开挖要加深加大，造成土方工程量增加，施工工效降低。在施工中又发现了较有价值的古墓和出土文物，造成承包商部分施工人员和机械窝工，同时承包商为保护文物付出了一定的措施费用；请问监理工程师应如何处理此事?
4.监理工程师在合同管理中应当注意哪些主要问题?