监理单位承担了某公路桥梁项目的施工监理任务,该工程由甲施工单位总承包。甲施工单位选择了经建设单位同意并经监理工程师进行资格审查合格的乙施工单位作为分包单位。施工过程中发生了以下事件：事件一：专业监理工程师在熟悉图纸时发现,基础工程部分设计内容不符合国家有关工程质量标准和规范。总监理工程师随即致函设计单位要求改正并提出更改建议方案。设计单位研究后,口头同意了总监理工程师的更改方案,总监理工程师随即将更改的内容写成监理指令通知甲施工单位执行。事件二：施工过程中,专业监理工程师发现乙施工单位施工的分包工程部分存在质量隐患,为此,总监理工程师同时向甲、乙两施工单位发出了整改通知。甲施工单位回函称：乙施工单位施工的工程是经建设单位同意进行分包的,所以本单位不承担该部分工程的质量责任。事件三：专业监理工程师在巡视时发现,甲施工单位在施工中使用未经检验的建筑材料,若继续施工,该部位将被隐蔽。因此,立即向甲施工单位下达了暂停施工的指令（因甲施工单位的工作对乙施工单位的工作有影响,乙施工单位也被迫停工）。同时,指示甲施工单位对该材料进行检验,并报告了总监理工程师。总监理工程师对该工序停工予以确认,并在合同规定的时间内报告了建设单位。检验报告出来后,证实该材料合格,可以使用,总监理工程师随即指令施工单位恢复了正常施工。事件四：乙施工单位就上述停工自身遭受的损失向甲施工单位提出补偿要求,而甲施工单位称：此次停工是执行监理工程师的指令,乙施工单位应向建设单位提出索赔。事件五：对上述施工单位的索赔,建设单位称：本次停工是监理工程师失职造成,且事先未征得建设单位同意。因此,建设单位不承担任何责任,该停工造成施工单位的损失应由监理单位承担。
【问题】2、事件二中,甲施工单位的答复是否妥当?为什么?总监理工程师发出的整改通知是否妥当?为什么?