甲公司投资建设一幢地下一层、地上五层的框架结构商场工程，乙施工企业中标后，双方采用《建设工程施工合同》（示范文本）GF-1999-0201签订了合同。合同采用固定总价承包方式，合同工期为405d，并约定提前或逾期竣工的奖罚标准为每天5万元。
合同履行中出现了以下事件：
事件一：乙方施工至首层框架柱钢筋绑扎时，甲方书面通知将首层及以上各层由原设计层高4.30m变更为4.80m，当日乙方停工。25d后甲方才提供正式变更图纸，工程恢复施工。复工当日乙方立即提出停窝工损失150万元和顺延工期25d的书面报告及相关索赔资料，但甲方收到后始终未予答复。
事件二：在工程装修阶段，乙方收到了经甲方确认的设计变更文件，调整了部分装修材料的品种和档次。乙方在施工完毕三个月后的结算中申报了该项设计变更增加费80万元，但遭到甲方的拒绝。
事件三：从甲方下达开工令起至竣工验收合格止，本工程历时425d。甲方以乙方逾期竣工为由从应付款中扣减了违约金100万元。乙方认为逾期竣工的责任在于甲方。
问题：
1.事件一中，乙方的索赔是否生效？结合合同索赔条款说明理由。
2.事件二中，乙方申报设计变更增加费是否符合约定？结合合同变更条款说明理由。
3.事件三中，乙方是否逾期竣工？说明理由并计算奖罚金额。