某涉密单位甲计划建设一套科研项目管理系统，因项目涉密，通过考察和比较，选择了具有涉密系统集成资质的单位乙来为其实施该项目。
甲方要求所有开发工作必须在现场完成，项目所有资料归甲方所有。双方签订了合同和保密协议，合同中规定项目应在当年的年底前完成。
乙公司派出项目经理小李带领项目组进驻甲单位现场小李首先与客户沟通了需求，确定了大致的需求要点，形成了一份需求文件。经过客户确认后，小李就安排项目组成员开始进行开发工作为了更好地把握需求的实现，小李在每天工作结束后，都将工作进度和成果汇报给甲方的客户代表，由客户提出意见，并形成一份备忘录。客户对软件的修改意见不断提出，小李也仔细地将修改意见记录在每天的备忘录中，并在第二天与项目组讨论之后，安排开发人员尽量实现。随着软件的逐渐成型，小李发现此时客户提出一些需求实际上跟某些已实现的需求是矛盾的，对于有些新的需求，实现难度也越来越大。此时软件的实际功能与最初确定的需求文件中确定的功能已经相差很远，眼看时间越来越接近年底，小李不知道该怎么办才好。
【问题1】（3分）
请问该项目是否可以不公开招标？为什么？
【问题2】（4分）
项目需求发生变更后，可能会导致项目的哪些方面同时发生变更？
【问题3】（8分）
请指出该项目在项目整体管理方面存在哪些问题？
【问题4】（5分）
针对案例中项目的现状，请指出在继续实施此项目时小李可采取哪些措施？
【问题5】（5分）
请简要说明实施整体变更控制的完整流程。